Cơ sở đầu tiên Ngành Y tế tiếp thu được xây dựng từ thời thực dân Pháp khoảng năm 1920. Lúc nầy được mang tên là Bệnh xá Tân Châu, gồm 3 dãy nhà nhỏ. Bệnh xá lúc đó chỉ khám và điều trị thông thường như một trạm y tế xã, đến năm 1974 được xây dựng thêm một dãy lầu 2 tầng với kinh phí 30 triệu đồng do CHLB Đức viện trợ, lúc này được đổi tên là Chi Y tế Tân Châu nhưng hoạt động vẫn như trước kia. 

Sau giải phóng năm 1975, quận Tân Châu đổi thành tỉnh Long Châu Tiền, Chi Y tế quận Tân Châu được tiếp quản đổi tên là Bệnh viện tỉnh Long Châu Tiền, bệnh viện có triển khai thêm được phòng mổ nhưng còn tính cách dã chiến.

Năm 1976 tỉnh Long Châu Tiền sáp nhập với tỉnh Long Châu Hà thành tỉnh An Giang, Bệnh viện được trả về cho huyện và được mang tên là Bệnh viện huyện Phú Châu.

Năm 1982 mở thêm phòng xét nghiệm, X quang phục vụ cho công tác điều trị, cũng trong năm này, bệnh viện được nhận bộ dụng cụ Sản Nhi của Unicef. Từ đó Bệnh viện đã hình thành một bệnh viện tuyến 3 tương đối rõ nét với các khoa nội, ngoại, sản, nhi, cận lâm sàng. Khả năng phục vụ ngày càng tốt hơn, cán bộ trung cấp, đại học ngày càng nhiều hơn.

Năm 1984 mở lại phòng mổ bắt đầu chính thức hoạt động từ 27/8/1984 đến nay, đã giải quyết được đối với các trường hợp trung phẩu mà trước đây phải chuyển đến bệnh viện cấp tỉnh như Long Xuyên và Châu Đốc.

Năm 1989 Bệnh viện huyện Phú Châu đổi thành Trung tâm Y tế huyện Phú Châu. Lúc này Ban giám đốc, khối hành chánh và khoa nhi đặt trụ sở làm việc tại công ty lương thực (cũ). Từ đó TTYT ngày càng hoạt động mạnh.

Năm 1992, huyện Phú Châu chia cắt thành hai huyện Tân Châu và An Phú, TTYT Phú Châu đổi thành TTYT huyện Tân Châu và PKKV Vĩnh Hòa. TTYT dời về Trường Đảng (Cây số 2 đường tỉnh lộ 953). Lúc này bệnh viện TTYT hoạt động tại 2 nơi: cơ sở cũ gồm khoa ngoại, khoa dược, khoa sản, khoa CLS và cơ sở mới tại Trường Đảng gồm Ban giám đốc - khối hành chánh, khoa nhi và khoa nội.

Năm 1996, TTYT được xây dựng mới trên mặt bằng của Trường Đảng cũ với diện tích 1,845 ha với đầy đủ các khoa lâm sàng, cận lâm sàng, khoa khám bệnh, khoa dược, nhà đại thể, khoa HSCC với trang thiết bị tương đối đầy đủ.

Năm 2005, Bệnh viện Đa khoa thị xã Tân Châu được thành lập

Năm 2014 Được nâng cấp lên thành Bệnh viện Đa khoa Khu vực Tân Châu, Cơ quan chủ quản: Sở Y tế An Giang.

Qua 94 năm hình thành và hoạt động Bệnh viện Đa khoa Khu vực Tân Châu đã từng bước phát triển ngày càng ổn định và bền vững, Bệnh viện thực hiện hoàn thành chỉ tiêu ngành, uy tín và chất lượng phục vụ này càng nâng cao. Hiện Bệnh viện Đa khoa Khu vực Tân Châu được xếp hạng là Bệnh viện hạng II có 270 giường có 298 biên chế. Trong đó cán bộ đại học và sau đại học là 185 người, 25  cán bộ Cao đẳng, 36 cán bộ trung cấp, 09 sơ cấp và 38 nhân viên khác làm việc thường xuyên. Công tác đào tạo nguồn lực luôn được Bệnh viện chú trọng, hiện đang đào tạo 06 bác sỹ chuyên khoa I, 03 bác sỹ, 01 CN xét nghiệm.

Về cơ sở vật chất: là một Bệnh viện Đa khoa với các Khoa lâm sàng, Cận lâm sàng gồm: Khoa Hồi sức cấp cứu, Ngoại tổng quát, Phụ sản, Nội, Y dược cổ truyền, Nhi, Truyền nhiễm, Khám bệnh, Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh, Dược, Kiểm soát nhiễm khuẩn, Dinh dưỡng; 04 phòng chức năng gồm: phòng Kế hoạch tổng hợp, Điều dưỡng, Tổ chức hành chánh và Tài chính kế toán.

Bệnh viện đa khoa Khu vực Tân Châu có diện tích xây dựng là 5.718 m2 trên mặt bằng 1,845 ha. Trong đó diện tích khu điều trị 2.794 m2 bình quân trên 12 m2/giường bệnh. Ngoài ra các hạng mục công trình phụ như: nhà đại thể, nhà xe công vụ, nhà vệ sinh phục vụ thân nhân người bệnh, nhà xe công viên chức, nhà phát điện dự phòng, bể chứa nước dung tích 30m3 kho trữ Oxy chiếm 450m2 và vườn hoa cây cảnh 7.826 m2 chiếm tỷ lệ khoảng 41,36%.

Về trang thiết bị và dụng cụ Y tế: Ngoài các trang thiết bị cơ bản, Bệnh viện trang bị máy CT, máy giúp thở, Monitoring, máy siêu âm, máy chụp x-quang di động và cố định, ghế nha, máy xét nghiệm huyết học, sinh hoá máu, sinh hoá nước tiếu, Hematorit, máy phun khí dung, máy đo điện tim từ nguồn ODA Hàn Quốc... Khoa Ngoại tổng quát tại Bệnh viện có 04 phòng mổ, 01 phòng thực hiện các thủ thuật. Các chuyên khoa lẽ như: Mắt, Tai Mũi Họng, Răng Hàm Mặt được trang bị khá đầy đủ phục vụ cho công tác khám chẩn đoán và điều trị

Về quản lý: Bệnh viện sử dụng phầm mềm quản lý thông tin người bệnh (VNPT His) và hồ sơ bệnh án, Phần mềm Mimosa quản lý Tài chính kế toán, phần mềm dược quản lý thuốc, hoá chất, vật tư y tế nhằm minh bạch và làm gọn nhẹ bộ máy hành chính.

Từ 2014 đến 2024: Xây dựng khối 4 tầng của Bệnh viện; sữa chữa Khoa Chẩn đoán hình ảnh, Khoa khám bệnh, trang bị  máy chạy thận nhân tạo. Xây dựng mới Hội trường 200 chỗ với nhiều trang thiết bị hiện đại và hệ thống hội trường đồng bộ cùng nhiều công trình khác.